《银河护卫队3》讲述了火箭浣熊是科学家至高进化的实验品，至高进化曾意图建立由进化的动物构成秩序。火箭浣熊与动物朋友们一起逃狱，但至高进化发现并杀害了三位朋友。火箭浣熊重伤后，银河护卫队前往奥果领域寻找覆盖码并发现火箭曾被改造的记录。在试验基地，银河护卫队误触发摧毁基地的程序，但成功解救动物们并打败至高进化，将其囚禁在知无领域。最后，奎尔重组了银河护卫队并让火箭成为队长，众人继续执行未知任务。

1、火箭浣熊身世：火箭浣熊的悲惨过往
火箭浣熊是科学家至高进化改造的实验品，曾致力于建立由进化的动物构成秩序。火箭浣熊以天才级智商指出试验中的漏洞，但激怒至高进化，意图取其大脑研究并销毁所有实验品。火箭浣熊与动物朋友们一起逃狱，组装门钥逃脱，但被至高进化发现，三位朋友丧命。火箭浣熊扑向至高进化并成功逃脱。

2、火箭浣熊重伤：银河护卫队为队友再征星河
多年后，银河护卫队在知无领域重建总部，但遭到至高进化的搜索和索维林族大祭司阿耶莎的报复。火箭受重伤，护卫队前往奥果领域寻找覆盖码，在掠夺者和卡魔拉的帮助下成功取回火箭档案。他们发现火箭曾被改造的记录，决定追踪席尔并前往试验基地，但遭到阿耶莎和亚当的追击。

3、抵达试验基地：遇险
在试验基地，银河护卫队找到至高进化的基地，但星云、螳螂女和德拉克斯误入基地，触发摧毁试验基地的程序。卡魔拉击败猪战士并启动飞船，奎尔和格鲁特抓获席尔并取走大脑密码，但星云等三人反倒潜入至高进化的基地。亚当意识到母亲阿耶莎遇险，但赶到时她已被炸死。

4、苦战至高进化：火箭浣熊濒重生，众人解救动物们
火箭在危殆时遇到幻觉中的动物朋友，但决定完成使命。奎尔抢救火箭浣熊并成功覆盖密码、停止杀戮开关，火箭浣熊苏醒。在至高进化基地，护卫队遇到高智商白发孩童并被抓，但被螳螂女感化并成功逃离。护卫队打败至高进化的军队，至高进化摧毁控制室。
克拉格林驾驶知无领域和科斯莫赶到并与护卫队会合，科斯莫用念力连接两艘飞船，星云和克拉格林解救被俘孩子。火箭浣熊发现小浣熊和其他实验动物，但被至高进化攻击，护卫队打败至高进化并将他囚禁在知无领域，救出船上动物。科斯莫念力将知无领域与至高进化的飞船相连，大多数护卫队登上克拉格林的船，但奎尔为了取回Zune重回至高进化的飞船，两艘飞船失去连接，奎尔跌进太空，但被亚当救下。

5、尾声：众人的归宿
在电影的结尾，奎尔重组了银河护卫队并让火箭成为队长。他自己回到地球探望外公，卡魔拉与掠夺者团聚，星云和德拉克斯留在知无领域抚养孩子们。在片尾彩蛋中，新的银河护卫队由火箭、格鲁特、克拉格林、科斯莫、亚当、菲拉和布鲁普组成，继续执行未知任务。最后以字幕显示“传奇星爵”即将回归。