电影一开头，和霍格沃茨魔法学校校长邓布利多相爱相杀的黑巫师格林德沃从戒备森严的监狱中成功越狱，并且在巴黎召集旧部，开始寻找可变为“默默然”状态的克雷登斯。与此同时，邓布利多和神奇动物的饲养保护者纽特会面，同样让他去寻找克雷登斯，纽特有些犹豫地接受了这项任务，因为他此时正被魔法部禁止出境。

雅各布和奎妮前来探访纽特，然而纽特非常想见的、奎妮的姐姐蒂娜却没有跟来。在纽特家中，奎妮和雅各布产生了误会，奎妮一气之下离开去找姐姐蒂娜。雅各布和纽特随即通过线索得知蒂娜在巴黎，也动身去巴黎寻找她们姐妹二人，纽特虽被禁止出境，但使用了一些特别的手法，安全抵达了目的地巴黎。

镜头一转，黑巫师格林德沃和邓布利多都在寻找的、可变为“默默然”状态的克雷登斯此时正在巴黎的一家巫师马戏团工作，在马戏团中还有一位能变成蛇、受马戏团长欺压的纳吉尼。在一次表演中，克雷登斯和纳吉尼双双趁乱出逃。克雷登斯十分想知道自己的真实身份，通过各种线索他一路找到了自己幼年时的保姆，但就在保姆要说出他真实身份时，克雷登斯被追踪他而来的人激发了“默默然”状态，并错杀了保姆。

时奎妮的姐姐蒂娜在巴黎遇到了一位叫优素福.卡玛的神秘男子。寻找奎妮和蒂娜的雅各布和纽特与蒂娜相遇。然而，妹妹奎妮一来到巴黎，就被黑巫师格林德沃的手下带走，并且受了黑巫师的蛊惑，奎妮就此和姐姐及众人失去联络。

魔法部知道了邓布利多派纽特去寻找克雷登斯的事，即派官员来到霍格沃茨魔法学校找他问讯。官员中包括邓布利多的学生、纽特的同学、也是纽特哥哥忒修斯的未婚妻莉塔。莉塔重返校园后回忆起了很多难忘往事，随后也来到巴黎去寻找被禁止出境的纽特。

纽特和蒂娜得知黑巫师格林德沃的行踪后，在法国魔法部预言厅中查找进一步的详细资料，赶来的莉塔加入了他们，三人一同发现了一份血统记录和预言，这份重要的记录指引他们前往拉雪兹神父公墓。与此同时，可变为“默默然”状态的克雷登斯与纳吉尼、雅各布、奎妮等人也根据线索分别也来到了这个地点。在这里黑巫师格林德沃正在举行一场盛大的黑魔法聚会，纽特的哥哥、魔法部官员忒修斯也带着一队魔法部人马到来，准备抓住越狱出逃的格林德沃。

在几方实力汇集之地，格林德沃率领的黑巫师阵营和纽特、忒休斯等人代表的正义巫师阵营展开了最终的决战，格林德沃施放出了难以接近的魔法厉火，烧死了他不坚定的追随者，以及反抗他的忒休斯的未婚妻莉塔。而被他蛊惑的蒂娜的妹妹奎妮和几方都在寻找的可变为“默默然”状态的克雷登斯都加入了黑巫师的阵营，并和格林德沃一起离开。在激战中，纽特饲养的神奇动物“嗅嗅”偷走了格林德沃身上的一枚神秘钥匙。

最后，剩下的正义巫师返回了霍格沃茨魔、法学校，告诉了校长邓布利多所发生的一切。纽特把“嗅嗅”偷来的神秘钥匙交给了邓布利多，原来这是邓布利多与黑巫师格林德沃年少时定下的“血盟”，“血盟”规定他们这两位法力高强的巫师不能直接攻击对方。此时“血盟”到了邓布利多手上，他终于可以打破它，为与格林德沃决战埋下了伏笔。

另一方面，格林德沃告诉了“默默然”克雷登斯他的真实身份，原来克雷登斯的真名叫奥瑞利乌斯·邓布利多，属于邓布利多家族，和邓布利多校长有某种亲缘关系。格林德沃揭秘克雷登斯的身份之后，影片戛然而止，感觉这部电影交待了很多重要线索，也为下部电影的展开做了充分的准备和过